In ihrem klassischen Format werden Windeleimer in ihrem Innenraum mit einer speziellen Folienkassette ausgestattet, die für eine keimfreie Aufbewahrung des Windelabfalls sorgt. Die Kassette beinhaltet eine spezielle Folie, aus einem antibakteriellen Material, in welcher die Windel aufbewahrt werden. Die Folienkassette muss aber zuerst am oberen Bereich schnell angebracht werden, danach können die Windeln im Eimer entsorgt werden, bis der Windeleimer voll ist. Damit sich der Windelabfall mit seinem intensiven Geruch später nicht bemerkbar macht, sind Windelmülleimer außerdem mit einem luftdichten Deckel versehen: Dieser Verschluss sorgt dafür, dass sich der unangenehme Duft im Zimmer nicht ausbreitet.
Wer mit seinem Windeleimer etwas Geld sparen möchte, kann sich aber auch nach einem Modell umsehen, das normale Müllbeuteln nutzt und keine Folienkassetten benötigt. Mit einem Windeleimer ohne Kassette fällt der nervige und manchmal kostspielige Kauf von Folie komplett aus. Ausführungen ohne Kassetten weisen allerdings in der Regel einen niedrigen Hygienefaktor auf und müssen deshalb regelmäßiger gereinigt werden.
Für Eltern, die sich am Wickelplatz einen noch höheren Hygienefaktor wünschen, existieren sogenannte „Windeltwister“ dar, die mit einem speziellen Entsorgungssystem ausgestattet sind. Dank eines Drehmechanismus können die gebrauchten Windeln separat in der antibakteriellen Folie gewickelt und versiegelt werden, um eine noch geruch- und keimfreiere Aufbewahrung des Abfalls zu garantieren.
